Forse può essere utile questa guida
http://blog.pucp.edu.pe/blog/tito/wp-content/uploads/sites/610/2013/10/la_biblia_del_synedit_-_rev6.pdf
Purtroppo è in spagnolo, ma è abbastanza comprensibile vista la somiglianza con l'italiano. Secondo me è la guida più completa per TSynEdit.
Per il tuo specifico problema, la soluzione è nel paragrafo 1.8.3.
Ad esempio, se vuoi evidenziare con il giallo la linea corrente (vale a dire quella dove si trova il cursore), puoi usare la seguente istruzione:
SynEdit1.LineHighlightColor.Background:=clYellow